СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ

Нуклеотидную и предсказанные аминокислотные последовательности клона В1 сравнивали с последовательностями V и C генов L-цепей ИГ других видов позвоночных. На аминокислотном уровне V область имеет наибольшее сходство с V-областями L-цепей класса F и G пещерного сомика и с V-областью L1 класса ИГ форели (63-71%). И те и другие относятся к каппа-типу L-цепей. При поиске гомологов в полном банке последовательностей ИГ млекопитающих первые 100 позиций с наибольшим сходством представляли собой также V каппа области.

С-область клона В1 имеет на аминокислотном уровне приблизительно одинаковое и не очень значительное сходство с широким спектром С-областей L-цепей ИГ хрящевых и костистых рыб (41-44%). На нуклеотидном уровне наиболее близкими гомологами В1С гена являются гены III класса хрящевых рыб (65%).

АНАЛИЗ ГЕНОМНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ

Геномную организацию локуса генов L-цепей ИГ стерляди оценивали методом Саузерн блот гибридизации. Геномную ДНК выделяли из печени стерляди. ДНК расщепляли эндонуклеазами рестрикции Pst I и Pvu II. После электрофоретического разделения и переноса фрагментов ДНК на нитроцеллюлозную мембрану проводили гибридизацию в мягких условиях. В качестве зонда на V-гены использовали фрагмент, полученный в результате ПЦР (см. Конструирование библиотеки кДНК и ее скрининг). В качестве С-зонда использовали участок кДНК клона В1, кодирующий CL сегмент, который вырезали по сайтам рестрикции эндонуклеазами EcoR V-Xho I.

V-зонд выявлял более 20 гибридизующихся фрагментов ДНК, в то время как С-зонд гибридизовался только с 3-4 фрагментами.