При исследовании пищеварительной системы используют как общие клинические методы исследования- осмотр, пальпацию, аускультцию, перкуссию, так и многочисленные дополнительные специальные инструментальные и лабораторные методы, в том числе зондирование пищевода и желудка, руминографию, гастрографию, рентгеноскопию и рентгенографию, ректоскопию, лапароскопию, пробный прокол живота и кишечника, пункционную и прицельную биопсию печени, лабораторные исследования содержимого преджелудков и желудка, кала, пункта брюшной полости, биопсийного материала и другие методы, в зависимости от показаний.

В клинической практике исследование пищеварительной системы проводят по следующей схеме: исследуют прием корма и воды: полость рта, глотку, пищевод, живот, желудок, кишечник, акт дефекации и ал, печень; по показаниям производят ректальную пальпацию органов брюшной полости, а также используют дополнительные инструментальные, функциональные, функциональные и лабораторные методы.